先秦时期，丘氏活动的地区主要在山东，后向西进入陕西^[9] 。姜子牙封于齐而都营丘（今山东临淄^[10] ，一说今山东昌乐^[11] ），其支庶（支孙^[1] ^[12] /子孙^[3] ）居于营丘者，遂以丘为氏，世居扶风^[13] ^[4] ，其历史至少有3000年^[9] 。最早见于古籍的丘姓先祖是《孔子家语》中长事齐君、后为孝子代称的丘吾（又称丘吾子、吾丘子），接着见于古籍的丘姓先祖是邾（今山东曲阜东南）大夫丘弱^[14-17]     。鲁左史左丘明后有丘姓^[18-24]        。

秦汉时期，丘氏活动的地区主要在陕西，后向东进入浙江。西汉有扶风人（今陕西兴平东南）丘欣。汉平帝时，丘俊持节安抚江淮，属王莽篡位，后俊遂留江左，居吴兴，在南北朝时形成了吴兴丘姓望族^[9] 。东汉有乌程人（今浙江吴兴）丘滕和云中人（今内蒙古托克托县东北）丘季智。汉朝时，乌桓也有丘氏^[9] ^[25] ，东汉末乌桓有国王名丘力居者，在位三十多年，但其子楼班，从子蹋顿^[26] 。

三国时期，曹魏毌丘俭之子宗等四人改为丘姓，山西闻喜邱氏，以毌丘俭为祖，称为毌丘俭后裔^[27] 。西晋末，中原丘氏有一支为避战乱而徙居福建（参见“八姓入闽”），初居莆田，后分支长汀、上杭等地^[28] 。

据各种史料，知自汉以来匈奴、鲜卑、乌桓、羌等族改姓丘（邱）氏者甚多。十六国西秦时羌人有丘氏^[9] 。匈奴、鲜卑族中均有丘林氏，后来均改为丘氏，鲜卑族中的丘乃敦、丘目陵等氏亦均改为丘氏。北魏献帝七分国人，以弟豆真（封临淮王）镇守来国，归而命氏，为丘敦氏，豆真之子丘堆改姓丘，融入汉族，发展成河南丘氏望族的一支，以丘和、丘行恭父子最为知名^[9] ^[29-32]     。匈奴族丘林氏改为丘、林、乔三姓，丘氏发展为河南丘氏。这些外族很快与汉族相融，成为中原的丘氏汉族^[9] 。

宋时，丘（邱）姓已经成为江浙、闽中的大姓，广泛分布于南方各地。丘姓几乎都分布在江浙地区^[9] 。丘（邱）姓主要分布于福建、湖南、江苏、浙江，约占丘（邱）姓总人口的54%，而福建省占了17%，为丘（邱）姓第一大省；其次分布于河南、河北、安徽、江西，这四省的丘（邱）姓丘（邱）姓总人口的30%^[7] 。

明时，丘姓主要分布于江西、福建（丘弘）、江苏，这三省丘（邱）姓大约占丘（邱）总人口的58%，而江西省约占27%，为丘（邱）姓第一大省；其次分布于浙江、广东（丘濬）、山东（丘橓）、湖北（丘瑜）、陕西（丘民仰），这五省集中了丘（邱）姓总人口的30%^[7] ；安徽（丘福）、湖南、四川（丘祖德）、河南（丘锋）等地也有丘姓分布。山东即墨人丘安于明洪武年间随军出征西南，平定云南后任新添卫后所百户之职，其后落籍贵州，子孙世袭武职，官至卫指挥佥事、贵州都指挥使。丘氏家族世代执掌新添卫军事长官，知名后裔有云贵两省第一位翰林院检讨、官右庶子的丘禾实和山海关上立有塑像、官至右佥都御史、辽宁巡抚的丘禾嘉^[33] 。

清初，丘姓进入台湾，如今成为台湾的著名大姓^[9] 。

邱姓最迟出现于汉代^[34] 。汉以后，偶有丘姓为避孔子圣讳，改姓邱，但数量极少，故历史上邱姓名人寥寥无几。清雍正三年，颁诏尊师重道，称先师孔子圣讳，理应回避，凡系姓氏、地名，丘字一律加邑部为邱字^[9] ，天下丘姓多改姓邱。满族亦有汉化改姓丘者^[35] 。

中华民国参议院议员丘逢甲等于1912年提议恢复祖先肇姓之丘。认为丘姓得自姜太公封地营丘，早于孔丘，无先人避讳后人之理，并在广州登报呼吁族人恢复丘姓。因此，闽粤台部分族人闻之响应。但全国大部分省区族人，因不知情，或因涉及法律户籍等诸多问题，仍然使用邱姓。